Die Sammlung des Deutschen Hygiene-Museums geht der Geschichte des öffentlich verfügbaren (Gesundheits-)Wissens, der historischen Umgangsformen mit dem Körper sowie dem Körper als Gegenstand gesellschaftlicher Konflikte seit Beginn des 20. Jahrhunderts bis in die Gegenwart nach. Ihr Fokus liegt auf Deutschland, Teile des Bestands sind aber auch international ausgerichtet.
Die Sammlung ist in drei Bereiche aufgeteilt. Im Sammlungsbereich „Geschichte der Gesundheitsaufklärung“ werden Medien und Produkte gesammelt, die zur Popularisierung von Gesundheitswissen verwendet wurden. Im Sammlungsbereich „Körperpraktiken im Alltag“ werden Alltagsgegenstände gesammelt, die der individuellen Körperpflege und -bearbeitung dienten und damit zeitgebundene Körpertechniken belegen. Ein dritter Sammlungsbereich hat „Körper und Protest“, also den Körper als Thema und Medium sozialer Bewegungen und gesellschaftlicher Konflikte, zum Gegenstand.
Als Grundlage für die Sammeltätigkeit dient ein schriftliches Sammlungskonzept, in dem die einzelnen Bestände mit ihren Zukunftsperspektiven beschrieben, Kriterien für eine Sammlungsaufnahme formuliert und Sammlungsstrategien skizziert werden.
Der gesamte Bestand umfasst inklusive der Sondersammlungen und Dauerleihgaben etwa 90.000 Objekte. Im digitalen Sammlungskatalog sind aktuell 63.000 Objekte erfasst, wovon ein Großteil online recherchierbar ist.
Objekte der Sammlung werden vorwiegend in der Dauerausstellung und in den Sonderausstellungen präsentiert; sie stehen aber auch für Nutzungen im Rahmen von externen Ausstellungsprojekten oder für Publikations- und Forschungsvorhaben zur Verfügung. Dieses Angebot wird von Museen und Wissenschaftler:innen aus aller Welt genutzt.